航空航天应用技术研究院是学院科研培育孵化的基本组成，是以邓建球院长为带头人，由原海军某工程学院高水平航空工程技术骨干组建，面向航空航天装备技术、保障技术、核心工程技术领域开展科研学术活动的平台。自成立以来，研究院发挥自身人才专业优势，秉承富国强军的神圣使命，发扬大力协同的精神，不断夯实核心能力，着力构建完善的体系仿真、系统研发、总体及分系统设计、单机设备研制、系统集成、系统测试与试验、系统服务等配套完整的科研能力体系，逐步拓展和发展了烟台理工学院在区域内服务军队科研、提升自身竞争力的军地合作之路。2021年以来，研究院所在烟台理工学院申报进入烟台市军民融合定点合作企业（高校）单位，申报建设筹备军队二级保密资质，将于年内完成审查验收。短短几个月内，承担完成了“某对抗训练数据智能化分析方法研究”、 “海上合作目标姿态数据采集与检测”、“某型飞机滑油温度控制调节系统综合检测仪”等多项科研课题协作攻关任务，赢得了部队合作单位的认可。